ניתוח חניכיים מומלץ בדרך כלל כדי לתקן את הנזקים שנוצרו בעקבות מחלת החניכיים ולא כדי לרפא אותה. לכן הניתוח מבוצע לאחר שמוצו כל האפשרויות האחרות (ניקוי שיניים, הקצעות שורשים בהרדמה מקומית, צחצוח נכון, שימוש בעזרי ניקוי ועוד). חשוב לציין, שמטופל שאינו מקפיד על היגיינת השיניים (וגם הכתרים, הגשרים, השתלים, התותבות), ימצא שגם אחרי ניתוח החניכיים מחלת החניכיים ממשיכה לגרום לנזקים, הנוספים על אלו שכבר נוצרו. למרות זאת, לעיתים נזקי מחלת החניכיים כה חמורים עד כי דרוש ניתוח חניכיים כדי להשלים את הטיפולים הלא כירורגיים ולרפא את מחלת החניכיים. בכל מקרה, יש להתאים את הניתוח/ניתוחים לבעיות הספציפיות אצל כל מטופל.